Molecular Phylogenetic analysis of NCLDV members by Maximum Likelihood method

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Changtianyi

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Quelle:

Wikimedia Commons

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Beschreibung:

Figure. Molecular Phylogenetic analysis of NCLDV members by Maximum Likelihood method The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the JTT matrix-based model. The bootstrap consensus tree inferred from 100 replicates is taken to represent the evolutionary history of the taxa analyzed . Branches corresponding to partitions reproduced in less than 50% bootstrap replicates are collapsed. The percentage of replicate trees in which the associated taxa clustered together in the bootstrap test (100 replicates) are shown by the size of red nodes on each branch. Initial tree(s) for the heuristic search were obtained automatically by applying Neighbor-Join and BioNJ algorithms to a matrix of pairwise distances estimated using a JTT model, and then selecting the topology with superior log likelihood value. The analysis involved 26 amino acid sequences. There were a total of 2599 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA7.

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CC BY-SA 4.0

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Weitere Informationen zur Lizenz des Bildes finden Sie hier. Letzte Aktualisierung: Fri, 12 Jan 2024 10:04:30 GMT

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Das Phylum der Nucleocytoviricota umfasst eine heterogene Gruppe meist großer dsDNA-Viren, die eine Reihe bestimmter Gene aufweisen, die gewöhnlichen Viren fehlen. Gründungsmitglieder der Gruppe (2001) sind die Familien Asfarviridae, Iridoviridae und Poxviridae (Pockenviren), sowie die Phycodnaviridae. Weitere Mitglieder sind die Familien Mimiviridae , Marseilleviridae, Ascoviridae. Vorgeschlagene Mitglieder sind die Pithoviren, Orpheoviren und Pandoraviren, gegebenenfalls mit jeweils eigene Familien, sowie etliche mehr. Mögliche Kandidaten sind Dinodnavirus und „Urceolovirus“. Diese Mitglieder bilden – wie inzwischen mehrfach bestätigt – eine monophyletische Verwandtschaftsgruppe, d. h. sie haben einen gemeinsamen viralen Vorfahren. Man hatte daher zunächst verschiedentlich vorgeschlagen, diese Gruppe als „Megavirales“ in den Rang einer neuen Virusordnung zu erheben. Nachdem das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) seit 2018 auch Ränge oberhalb dem der Ordnung zuließ, wurden aufgrund der hohen Diversität dieser Gruppe solche höheren Ränge favorisiert. Damit wurde es ermöglicht, die Hauptgruppen der NCLDV als Ordnungen oder gar Klassen aufzustellen. So schlugen beispielsweise Guglielmini et al. (2019) die erweiterte Familie Mimiviridae auf als eine Ordnung und schlugen dafür die nun frei gewordene Bezeichnung „Megavirales“ vor. Diese Entwicklung erreichte 2019/2020 mit der Master Species List Nummer 35 des ICTV ihren vorläufigen Abschluss mit der offiziellen Anerkennung der NCLDV als Phylum Nucleocytoviricota mit den Klassen Megaviricetes und Pokkesviricetes durch das ICTV im März 2020. Die Ordnung der erweiterten Mimiviridae heißt jetzt Imitervirales. .. weiterlesen