Die Gemeinde liegt im äußersten Norden des Landkreises, etwa 20 km nördlich der Kreisstadt Gotha, sieben km östlich von Bad Langensalza. Die beiden Ortsteile werden von der Tonna durchflossen, einem Bach, der am südlichen Ortsrand von Ballstädt bei der Fahner Höhe in 337 m Höhe ü. NN entspringt. Zwischen den beiden Ortsteilen fließt ihr der Seegraben zu, der das Seefeld zwischen Tonna und Döllstädt entwässert. In Gräfentonna münden in der Nähe der Justizvollzugsanstalt der aus Aschara(Weißer Bach) und Eckardtsleben(Schwarzer Bach) nun genannte Reifenheimer Graben und der aus den östlichen Feldern kommende Brombach in die Tonna. Sie verlässt die Gemeinde in nördlicher Richtung und mündet etwa 10 km nach ihrer Quelle bei der Lohmühle in der Nähe von Nägelstedt, einem Ortsteil von Bad Langensalza, in die Unstrut in 167,1 m ü. NN. Sie gehört somit zum Flusssystem Unstrut, das sein Wasser über die Saale und die Elbe zur Nordsee führt. Die Tonna entwässert ein Gebiet von 65,4 km².
Verkehrsanbindung
Die Verkehrsanbindung erfolgt über die Bahnstrecke Kühnhausen–Bad Langensalza, zu der in Gräfentonna ein Bahnhof besteht. Zudem liegt Gräfentonna an der B 176 (Bad Langensalza–Sömmerda, früher L 1042). Burgtonna liegt etwa vier km südlich von Gräfentonna an der ehemaligen Bahnstrecke Ballstädt–Straußfurt, welche stillgelegt ist sowie an der L 1043 (Gräfentonna–Gotha, Kindleber Straße) zwischen Gräfentonna und Ballstädt und ist zudem Endpunkt der Landstraße, die von Wiegleben kommt, die B 247 kreuzt und Aschara mit Burgtonna verbindet.
Wappenbeschreibung
Der wellige Pfahl in der Mitte mit blauem Grund steht für den Bach Tonna. Der Sockel ist aus einem alten Siegel Burgtonnas entnommen. Der Löwe ist das Wappentier der Grafen von Gleichen, die von Tonna stammen. Das Wappen wurde am 31. Mai 1996 genehmigt.
