Smacoviridae

Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.^[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannt.^[3] Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.

Beschreibung

Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).^[6][2]

Systematik

Die Systematik der Familie ist wie folgt:^[3]

• Gattung Bovismacovirus
  • Spezies Bovine associated bovismacovirus 1 mit Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
  • Spezies Bovine associated bovismacovirus 2 mit Bovine faeces associated smacovirus 3
  • Spezies Dragonfly associated bovismacovirus 1 mit Odonata-associated circular virus 21

• Gattung Cosmacovirus
  • Spezies Bovine associated cosmacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 4

• Gattung Dragsmacovirus
  • Spezies Dragonfly associated dragsmacovirus 1 mit Odonata-associated circular virus 5

• Gattung Drosmacovirus
  • Spezies Bovine associated drosmacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 5
  • Spezies Camel associated drosmacovirus 1
  • Spezies Camel associated drosmacovirus 2
  • Spezies „Pig stool associated circular ssDNA virus“ (Vorschlag)

• Gattung Huchismacovirus
  • Spezies Bovine associated huchismacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Bovine associated huchismacovirus 2 mit Bovine faeces associated smacovirus 6
  • Spezies Chicken associated huchismacovirus 1
  • Spezies Chicken associated huchismacovirus 2
  • Spezies Human associated huchismacovirus 1
  • Spezies Human associated huchismacovirus 2
  • Spezies Human associated huchismacovirus 3
  • Spezies „Human smacovirus 1“ (Vorschlag)

• Gattung Porprismacovirus

• Vorschläge ohne Gattungszuweisung
  • Spezies „Capybara associated smacovirus“^[4] mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104^[9]
  • Spezies „Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus“^[10][11]
  • Spezies „Papio cynocephalus associated smacovirus“^[12] mit Papio cynocephalus associated smacovirus 3 (PcSmV3)^[13][14]
  • Spezies „Papio kindae associated smacovirus“^[15] mit Papio kindae associated smacovirus-like virus 1 (PkSmV1)^[5][14]

Literatur

• Matheus A. Duarte, João M. F. Silva, Clara R. Brito, Danilo S. Teixeira, Fernando L. Melo, Bergmann M. Ribeiro, Tatsuya Nagata, Fabrício S. Campos: https://www.mdpi.com/1999-4915/11/9/803/htm Faecal Virome Analysis of Wild Animals from Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 9, Special Issue Emerging Viruses: Surveillance, Prevention, Evolution and Control, 30. August 2019, S. 803; doi:10.3390/v11090803

Einzelnachweise

1. ↑ ^{a b c d e} ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
2. ↑ ^{a b} Arvind Varsani, Mart Krupovic: Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses. In: Virology Division News, Arch Virol, 163, 2005–2015, 23. März 2018. doi:10.1007/s00705-018-3820-z
3. ↑ ^{a b} Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. Abgerufen am 27. April 2020.
4. ↑ ^{a b} Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications; doi:10.3390/v11080710
5. ↑ ^{a b} NCBI: LC386203
6. ↑ SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone
7. ↑ H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. In: J Gen Virol, 1. März 2012; doi:10.1099/vir.0.037838-0
8. ↑ NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species)
9. ↑ NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104
10. ↑ O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol.. 91, Nr. Pt 1, 2010, S. 74–86. doi:10.1099/vir.0.015446-0. PMID 19759238. PMC 2887567 (freier Volltext).
11. ↑ NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species)
12. ↑ NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species)
13. ↑ NCBI: LC386205
14. ↑ ^{a b} Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates. In: Nature Sci Rep, , 9, 5045; doi:10.1038/s41598-019-41358-z. Insbesondere: Fig. 1 und Tale 1
15. ↑ NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species)