Die Saison der Handball Bundesliga Austria begann im September 2012. Der W.A.T. Floridsdorf stieg in die Regionalliga ab. Im Aufstiegs-Playoff konnte sich kein Team aus der Handball Bundesliga Austria durchsetzen, damit blieben die Teams in 2013/14 in der Liga.
In der zweithöchsten Spielklasse, der HBA, sind zehn Teams vertreten. Die Meisterschaft wird in zwei Phasen gegliedert. Zuerst wird der Grunddurchgang gespielt, anschließend werden die Mannschaften in zwei Gruppen geteilt. Die ersten vier Teams spielen mit den vier letztplatzierten Teams aus der Handball Liga Austria um vier Plätze in der HLA-Saison 2013/14.
Grunddurchgang HBA
Im Grunddurchgang spielten alle Teams eine einfache Hin- und Rückrunde gegen jeden Gegner. Die ersten vier Mannschaften qualifizieren sich für das Aufstiegs-Playoff, während die restlichen Teams in das Abstiegs-Playoff müssen.