Cap-independent Translation Element

Ein Cap-independent Translation Element (CITE oder 3'CITE, zu deutsch Cap-Struktur-unabhängiges Translationselement) ist eine bestimmte RNA-Sequenz in der 3'UTR von einigen pflanzenpathogenen RNA-Viren.

Eigenschaften

In Eukaryoten dient die Cap-Struktur am 5'-Ende der mRNA der Einleitung der Proteinbiosynthese. In manchen RNA-Viren kommen alternative Mechanismen vor, z. B. IRES oder CITE.[1] Durch die alternativen Mechanismen werden entweder die 60S-Untereinheit des Ribosoms oder Translations-Initiationsfaktoren (z. B. eIF4E)[2] gebunden.[3] Das CITE in manchen Viren führt zu einer Annäherung des 5'- und des 3'-UTRs.[4]

In der RNA2 des red clover necrotic mosaic virus (RCNMV) ist das CITE zudem essentiell für die Replikation der viralen RNA negativer Polarität.[5]

CITE können nach ihrem Aufbau in verschiedene Typen eingeteilt werden:[1][3]

StrukturBeispiel
TED (translation enhancer domain)Satellite tobacco necrosis virus (STNV)[6]
BTE (BYDV-like translation element)Barley yellow dwarf virus (BYDV)[7]
PTE (PMV-like translation element)Hirse-Mosaik-Virus (en. Panicum mosaic virus, PMV)
TSS (T-shaped structure, ‚T-förmige Struktur‘)Turnip crinkle virus (TCV)[8]
Y-förmigTomato bushy stunt virus (TBSV)
I-förmigMaize necrotic streak virus (MNeSV)

Literatur

  • BL Nicholson, O. Zaslaver, L.K. Mayberry, K.S. Browning, K.A. White: Tombusvirus Y-Shaped Translational Enhancer Forms a Complex with eIF4F and Can Be Functionally Replaced by Heterologous Translational Enhancers.. In: Journal of Virology. 87, Nr. 3, Februar 2013, S. 1872–83. doi:10.1128/JVI.02711-12. PMID 23192876.

Einzelnachweise

  1. ↑ a b W.A. Miller, Z. Wang, K. Treder: The amazing diversity of cap-independent translation elements in the 3'-untranslated regions of plant viral RNAs.. In: Biochemical Society Transactions. 35, Dezember 2007, S. 1629–33. doi:10.1042/BST0351629. PMID 18031280. PMC 3081161 (freier Volltext).
  2. ↑ Z. Wang, M. Parisien, K. Scheets, W. A. Miller: The cap-binding translation initiation factor, eIF4E, binds a pseudoknot in a viral cap-independent translation element. In: Structure (London, England : 1993). Band 19, Nummer 6, Juni 2011, ISSN 1878-4186, S. 868–880, doi:10.1016/j.str.2011.03.013, PMID 21645857, PMC 3113551 (freier Volltext).
  3. ↑ a b B. L. Nicholson, K.A. White: 3' Cap-independent translation enhancers of positive-strand RNA plant viruses.. In: Current Opinion in Virology. 1, Nr. 5, November 2011, S. 373–80. doi:10.1016/j.coviro.2011.10.002. PMID 22440838.
  4. ↑ R. Shen, A. M. Rakotondrafara, W. A. Miller: trans regulation of cap-independent translation by a viral subgenomic RNA. In: Journal of virology. Band 80, Nummer 20, Oktober 2006, ISSN 0022-538X, S. 10045–10054, doi:10.1128/JVI.00991-06, PMID 17005682, PMC 1617300 (freier Volltext).
  5. ↑ M. An, H.O. Iwakawa, A. Mine, M. Kaido, K. Mise, T. Okuno: A Y-shaped RNA structure in the 3' untranslated region together with the trans-activator and core promoter of Red clover necrotic mosaic virus RNA2 is required for its negative-strand RNA synthesis. In: Virology. 405, Nr. 1, 15. September 2010, S. 100–109. doi:10.1016/j.virol.2010.05.022. PMID 20561661.
  6. ↑ R. Shen, W. A. Miller: Structures required for poly(A) tail-independent translation overlap with, but are distinct from, cap-independent translation and RNA replication signals at the 3' end of Tobacco necrosis virus RNA. In: Virology. Band 358, Nummer 2, Februar 2007, ISSN 0042-6822, S. 448–458, doi:10.1016/j.virol.2006.08.054, PMID 17023016, PMC 1995077 (freier Volltext).
  7. ↑ N. M. Salem, W. A. Miller, A. Rowhani, D. A. Golino, A. L. Moyne, B. W. Falk: Rose spring dwarf-associated virus has RNA structural and gene-expression features like those of Barley yellow dwarf virus. In: Virology. Band 375, Nummer 2, Juni 2008, ISSN 0042-6822, S. 354–360, doi:10.1016/j.virol.2008.01.035, PMID 18329064.
  8. ↑ X. Zuo, J. Wang, P. Yu, D. Eyler, H. Xu, M. R. Starich, D. M. Tiede, A. E. Simon, W. Kasprzak, C. D. Schwieters, B. A. Shapiro, Y. X. Wang: Solution structure of the cap-independent translational enhancer and ribosome-binding element in the 3' UTR of turnip crinkle virus. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 107, Nummer 4, Januar 2010, ISSN 1091-6490, S. 1385–1390, doi:10.1073/pnas.0908140107, PMID 20080629, PMC 2803139 (freier Volltext).